Thermal peptide exchange technology. The term sounds like a simple lab protocol. But at a closer look it's a perfect example of multidisciplinary, multi-group research where a fundamental background, a good idea and an interest in technology lead to new insights and relevant medical applications. What started as an idea from the labs of Sjaak Neefjes and Huib Ovaa has now grown into a user-friendly method for screening immune cell responses to any antigen, developed in a collaboration between multiple research groups. (Image: Jolien Luimstra)

UbiQ was founded in 2010 as a spin-off of the Ovaa-lab at the Netherlands Cancer Institute. The small company develops reagents for ubiquitin research and is involved occasionally in drug discovery projects, says co-founder Farid El Oualid. "Our mission is ultimately to help patients. With UbiQ, we aim to explore all possible drug targets using our technology, and to facilitate others to do their research by providing reagents."

A superfamily of four-transmembrane proteins called tetraspanins are organizers of the membranes of immune cells. Although ubiquitous, understanding the precise role of some of these tetraspanins in the complement system is the challenge in this combined project in Utrecht and Leiden.

An imbalance between two types of T cells causes problems in autoimmune diseases and cancer. A selective intervention in the activity of these cells could be a therapeutic strategy, but the question is: how? Researchers in Utrecht and Leiden are finding unique metabolic features that discriminate between the two types.

Onderzoekers van AMOLF hebben ontdekt hoe het kan dat cellen niet ongebreideld delen in de darm. Een idee was dat dat komt doordat er voor elke cel die deelt er gemiddeld ook een stopt met delen. Maar dit model gaf geen goed antwoord op de vraag waarom de celgroei weinig fluctueert. Jeroen van Zon en collega's ontdekten nu hoe dat kan, door time-lapse filmpjes te maken van de cellen. Ze zagen dat twee dochtercellen van een moedercel altijd hetzelfde doen. Ze delen beide wel óf beide niet. Daardoor is de celgroei constant, met minder kans op kanker en andere ziektes.(Illustratie: AMOLF)

Specialists in single cell dynamics of research institute AMOLF together with CRISPR-Cas researchers of TU Delft were able to measure for the first time how quickly a single cell can build new memory and remove invading DNA using the CRISPR Cas system. Remarkably, they noted a large variability between individual cells in different populations. The results were published on April 25, 2022 in the open access scientific journal Molecular Systems Biology.

Following a single protein inside the cavity of a GroEL chaperone for the first time, researchers at AMOLF led by professor Sander Tans discovered how protein folding can be accelerated. Amino acid chains are pulled inside the open cavity of the chaperone, where they collapse on top of themselves and fold. The findings have implications for our understanding of cellular protein control and folding diseases. The research was published in Science Advances on March 4th.

Bloed- en beenmergkanker zijn goed te behandelen met een stamceltransplantatie van een donor, maar soms keert de tumor terug. Onderzoekers van het Radboudumc onder leiding van Harry Dolstra ontwikkelden een nieuw dendritische celvaccin. Dat heractiveert de afweercellen van de donor waardoor de tumor wordt opgeruimd. Ze toonden aan dat het vaccin veilig is voor patiënten.

Jongens die chemotherapie krijgen tegen kanker zijn later vaak onvruchtbaar. Ans van Pelt ontwikkelde met steun van ZonMW een manier om uit een stukje ingevroren weefsel van hun eigen testikel stamcellen op te kweken. Bij muizen is het gelukt om deze cellen terug te plaatsen in een testikel. Deze muizen krijgen gezonde nakomelingen. Nu is de tijd aangebroken om de therapie voor mensen te ontwikkelen.

AMOLF-onderzoekers ontdekten in samenwerking met onderzoekers van het Erasmus MC een genetisch mechanisme dat ervoor zorgt dat een eenmaal gedifferentieerde zenuwcel zijn identiteit behoudt. Het gaat om een neuron dat zout kan detecteren in de worm C. elegans. Die identiteit wordt door een genetische schakelaar tijdens de ontwikkeling van de cel aangezet. Jeroen van Zon en collega’s ontdekten nu hoe het kan dat die schakelaar nooit meer spontaan uit gaat. Het onderzoek staat in het wetenschappelijke tijdschrift eLife.

Bastienne Wentzel schrijft deze periode wekelijks nieuwsberichten voor technologietijdschrift en -website De Ingenieur (KIVI). Vind hier de links naar deze artikelen.

Kan een cel de toekomst voorspellen? Weet een bacterie bijvoorbeeld of zijn voedingsstoffen opraken, zodat hij zich aan moet passen? AMOLF-onderzoeker Pieter Rein ten Wolde denkt van wel en gaat met behulp van computersimulaties berekenen hoe eencellige organismen zoals bacteriën en gistcellen dat doen. Daarvoor kreeg hij onlangs de belangrijke ERC Advanced Grant toegekend.

Hoe halen cellen aan elkaar geklonterde eiwitten uit elkaar? Onderzoekers van AMOLF en de universiteit van Heidelberg laten zien dat de moleculaire chaperonne ClpB aan enkele eiwitketens trekt, en deze zo uit de klont haalt. Ze publiceren hun resultaten op 29 januari in Nature.

Een nieuwe manier van fossielen analyseren aan de hand van bewaard gebleven eiwit levert opmerkelijke inzichten. Zo is bijvoorbeeld onlangs een pas ontdekte mensachtige, de Denisovan, geïdentificeerd door analyse van een 160.000 jaar oude kaak. Maar in dit nieuwe vakgebied, paleoproteomics gedoopt, is nog veel meer gaande.

De lichaamseigen, cannabisachtige stof 2-AG stimuleert alcoholgebruik. Onderzoekers vonden een stof die de vorming van dit endocannabinoïde remt. Dat zorgt ervoor dat alcoholverslaafde muizen minder alcohol gebruiken.

Het succes van celtherapie betekent wel dat geschikte cellen op grote schaal en betaalbaar geproduceerd moeten worden. Een Israëlisch biotechbedrijf bedacht een oplossing met placentacellen.

Bioprocestechnologie is van oudsher een batchtechnologie, waarbij cellen in een gesloten bioreactor enkele weken groeien en daarna geoogst worden. Maar sinds een aantal jaar werken fabrikanten aan het continu maken van dit proces. Met name de kolomchromatografie voor zuivering wordt aan gewerkt. Wat is er bereikt en wat zijn de uitdagingen? Experts van vier bedrijven uit het veld geven een inkijkje.

Hoe brengt een Leids bedrijf geneesmiddelen efficiënt en in een nieuw jasje op de markt, zonder lab of fabriek en met slechts vier medewerkers? BiosanaPharma werkt samen met andere professionele kennisbedrijven over de hele wereld.

Pijn zit tussen je oren. Letterlijk, want het signaal dat er ergens iets mis is in je lijf wordt in je hersenen vertaald naar ‘ik heb pijn’. En dat is maar goed ook, want pijn zorgt ervoor dat we maatregelen nemen om de oorzaak van de pijn weg te nemen of te verminderen. Maar er zijn verschillende soorten pijn, zoals bij een verwonding of ziekte, of acute en chronische pijn. Pijn is niet voor iedereen hetzelfde. Zo zijn er genetische verschillen en verschillen tussen mannen en vrouwen. Daarom zijn er veel verschillende klassen pijnstillers met ieder hun eigen werking en toepassing. De vrij verkrijgbare pijnstillers zoals paracetamol en ibuprofen kent iedereen. Werken die niet voldoende, dan grijpt de arts naar krachtiger pijnstillers zoals morfine, opioïden genoemd. Die stoffen werken meestal erg goed tegen de pijn, maar hebben grote nadelen zoals bijwerkingen en een kans op verslaving. Daarom zoeken artsen en onderzoekers naar nieuwe methoden om pijn te bestrijden en daarbij kijken ze niet alleen naar nieuwe chemische middelen.

Single use bioproductie is bezig aan een enorme opmars en biedt veel voordelen boven productie in roestvrijstalen vaten. Maar een onaangename bijkomstigheid is de productie van een berg plastic afval. Dat is niet goed voor het milieu. Toch?

Maurice Whelan, die dit jaar de Francqui leerstoel aan de Vrije Universiteit Brussel bekleedt, zet zich in om nieuwe technologie te ontwikkelen en te promoten voor toxicologische tests waarbij proefdieren niet meer nodig zijn.

Een celkweek in een petrischaaltje of een proefdier is niet altijd geschikt om medicijnen op te testen. Daarom zijn sinds enkele jaren organs-on-a-chip beschikbaar. Op deze plaatjes van kunststof of silicium kunnen cellen groeien in een vrij natuurlijke omgeving, inclusief een stroom van kweekmedium voor onder andere de aan- en afvoer van essentiële stoffen. De weefsels die op deze organs-on-a-chip worden gekweekt, vaak afkomstig van stamcellen, vertonen dezelfde eigenschappen als het orgaan waar ze model voor staan. Zo is er een long op een chip die kan ‘ademhalen’ voor onderzoek naar astma en chronisch obstructieve longziekte. Met sensoren en microscopen kunnen onderzoekers kijken hoe het weefsel bijvoorbeeld reageert op een potentieel geneesmiddel. Nieuwe geneesmiddelen zijn nog niet met de techniek ontwikkeld omdat het onderzoek nog in de kinderschoenen staat. Maar de ontwikkeling van steeds kleinere chips en sensoren en doorbraken in de stamceltechnologie en DNA-technieken hebben ervoor gezorgd dat organs-on-a-chip nu klaar zijn om het ontstaan en de behandeling van ziekten mee te onderzoeken.

Gebruikers aan het woord: prioriteit voor monsterveiligheid, continuïteit en monitoring.

Met onder andere: VUMC Biobank | Genenbank bananen | Nieuwe vriezers | Advies van experts.

Bastienne Wentzel verzorgde de redactionele inhoud van deze Update.

Voedsel kan sporen van minerale oliën bevatten. Dat is niet echt nieuws, maar het staat na nieuwe berichten weer in de belangstelling. Hoeveel zit er eigenlijk in ons voedsel en is dat een probleem? De betrouwbare analyse van deze stoffen in voedsel blijkt een uitdaging.

Chromatografie voor iedereen: Trend: klein, snel en gebruiksvriendelijk.

Met onder andere: Innovatieve GC | Monstervoorbereiding | Food&Life Science | Vloeistofchromatografie.

Bastienne Wentzel verzorgde de redactionele inhoud van deze Update.

Single use biedt enorme kansen vanwege de explosieve groei die deze markt vertoont. Dat vereist een scherp oog op kwaliteit, bijvoorbeeld wat betreft leachables&extractables. Standaardisering is onderweg.

Ouder worden gaat vanzelf, maar veroudering is een gecompliceerd proces. Alles wat bijdraagt aan het verval van een systeem; een mens, dier of ding, is veroudering. Slijtage, ziekte en sterven zijn onderdelen ervan. Mensen en de meeste andere organismen verouderen deels doordat onze genen niet perfect staan afgesteld. Maar we verouderen ook door pech: we staan bloot aan bijvoorbeeld zonnestraling of toxische stoffen waardoor we eerder ouder worden. En gezond leven draagt weer bij aan het vertragen van het proces.

Kostenbesparing en flexibiliteit in productie zijn slechts enkele van de voordelen van standaardisatie van single-use componenten. De industrie werkt naar zo'n standaard toe.
BMedia verzorgde enkele redactionele artikelen voor deze C2W Update Single Use, juli 2016, waaronder het volgende artikel.

Stabiel-isotoop gelabelde referentie-eiwitten voor MS zijn lastig te maken en duur. De oplossing: zorg dat cellen gelabelde eiwitten produceren.

Many IMM graduates pursue a career in academia. But just as many of them venture out into an industrial career to contribute to the valorization of scientific research. Silvie Meeuwissen is one of those scientists. After a successful but fundamental PhD project she preferred the more applied research at ChemConnection, a contract research and manufacturing company. From the state of the art laboratory of the company in Oss she tells us why.
This interview appeared in the 2015 annual report of the Nijmegen Institute of Molecules and Materials (IMM).

"Overgangsmetaalcomplexen zijn heel veelzijdige katalysatoren. Maar in vergelijking met enzymen zijn ze langzaam," stelt biochemicus Gerard Roelfes. Enzymen daarentegen kennen slechts een beperkt aantal chemische kunsten. Daarom combineert Roelfes beide.

Een beetje van het lab en een beetje van jezelf. Dat is de essentie van tissue engineering, waarbij je het lichaam er toe aanzet zelf kapotte onderdelen te repareren. Polymeren helpen daarbij een handje.

Een muis met een mensenoor op zijn rug baarde eind jaren negentig opzien. Wetenschappers waren erin geslaagd een bioafbreekbare mal in de vorm van een oor te bekleden met cellen en te plaatsen onder de huid van een muis, zodat de cellen gaan groeien. Nu was dit geen echt, werkend oor, maar het principe was bewezen: het is mogelijk om cellen te laten groeien op een drager, zodanig dat ze oud of kapot weefsel kunnen vervangen en vernieuwen.

Zelfs in je diepste slaap zijn je hersenen op en top actief. Je brein verwerkt dan allerlei herinneringen. Misschien is het ook wel mogelijk slapend iets nieuws te leren met speciale technieken. In de toekomst zouden deze technieken mensen van hun angsten of depressies af kunnen helpen. Of er gewoon voor zorgen dat je slapend je examen haalt.

De Amerikanen Robert Lefkowitz en Brian Kobilka delen dit jaar de Nobelprijs voor de Chemie voor het onderzoek naar receptoren, de zintuigen van een cel.

Many NPC projects are coming to an end. The PhD students involved are about to be released onto the career market. Many of them are not sure about what to do after their graduation, as became clear when the application was opened of the BioBusiness Summerschool 2012. The summerschool introduces the students to 'the business world of Life Sciences'. As many as 70 PhDs attended the week long summerschool in Amsterdam to hear about opportunities in large companies, the possibilities to start a business and to have opportunities to extend their network.

Ziekenhuizen worstelen met aggressieve bacteriën die ook nog eens resistent worden tegen antibiotica. Een oplossing ligt misschien in het gebruik van antibacteriële coatings. Daarin lopen we hier nog achter, maar Nederlandse bedrijven timmeren aan de weg.

Jan Smeitink's purpose in life is finding a cure for mitochondrial diseases. Every year he sees hundreds of children with genetic mitochondrial defects in his clinic. The majority of the kids do not live to be adults. The energy factories of their cells, the mitochondria, fail to produce enough energy for other cellular processes. The result is a plethora of multisystem diseases. The IOP Genomics project has resulted in the development of a high-throughput screening platform for live cells using state-of-the-art imaging techniques. Hundreds of potential drugs for mitochondrial disorders can be tested using this platform. In the near future, this will lead to a cure for some of the mitochondrial diseases.
 

Het Amsterdamse bedrijf MRC Holland bedacht een eenvoudige en goedkope manier om aan te tonen of een gen een afwijking heeft, bijvoorbeeld een deletie of multiplicatie van een exon. Anders dan bij PCR kunnen genen aan tests worden onderworpen zonder dat het nodig is het DNA in stukken te knippen. De test kan met standaard PCR- en capillaire electroforeseapparatuur worden uitgevoerd.

B-Basic is een consortium van universiteiten, onderzoeksinstellingen en industrie. Vier jaar lang is onderzoek gedaan met als doel de ontwikkeling van nieuwe concepten voor het bio-based produceren in de chemische en energie-industrie. In dit boek worden de successen en lessen uitgelicht.
BMedia verzorgde de interviews met Gerrit Eggink, Helena Teles, Aukje Zimmerman, Hans Tramper, Janneke van Seters, André Faaij, Roel Bol en Ida van der Klei.

Predicting biological activity of compounds accurately is of great importance in the development of new drugs. Not only bioinformatics methods are used to predict for example receptor interaction with a drug, but also cheminformatics methods to predict the possible toxicity of a potential drug molecule. Jeroen Kazius constructed extensive databases and designed new data mining methods which can more accurately predict such activities.

Aspergillus niger, well known as the fungus that produces black mold on old bread, forms an extended network of interconnected hyphae. This mycelium has an enormous capacity to secrete proteins and other compounds. Its productivity has led the food and pharmaceutical industry to use A. niger  as the preferred biological production factories for, among others, enzymes. New information about genetic signalling in the fungus cells has urged Marc van der Maarel to study the dynamics of the A. niger mycelium in more detail.

Not all old people are equally old. That is, their chronological age - the number of years they have lived - is not the same as their biological age - their life expectancy and health. Some people appear to have a hereditary taint for longevity. By studying a large group of very old people, who are obviously protected from ageing and disease, researchers are trying to find these genetic variations and the biomarkers by which they are expressed.

Mitochondrial disorders are a group of serious, often fatal diseases. Due to a genetic defect, the powerhouses of our cells are unable to produce enough energy from food. The mechanisms are poorly understood, let alone a therapy being available for patients. Jan Smeitink works to understand the energy metabolism in mitochondria by setting up a screening platform. This platform should generate enough knowledge to influence the energy metabolism and eventually cure disorders associated with it.

For an increasing amount of disorders it is becoming clear that many genetic variants are involved. Finding these variants and the affected disease genes makes looking for a needle in a haystack seem like a walk in the park. Bioinformatician Lude Franke devised new statistical methods to identify such variants.

Om dieren vet te mesten, moeten ze gezond blijven en daarvoor gebruiken we in Nederland maar liefst 590 ton antibiotica per jaar. Het gevolg: resistente bacteriën die ook bij mensen voor problemen kunnen zorgen. Een verbod op antimicrobiële groeibevorderaars in varkensvoer is niet genoeg om het tij te keren.

Imagine having to write fourty times less lines of code to produce software for your data analysis system. This is what informatician Morris Swertz from Groningen has accomplished with his Molgenis software generator. He recently received his PhD degree for his research.

Begin april lanceerde minister Van der Hoeven van Economische Zaken het Life Sciences en Gezondheid-programma. Naast het verlenen van innovatiekredieten voor startende life sciences bedrijven wil LSG de samenwerking binnen Europa verbeteren en de cultuur van ondernemen in Nederland bevorderen.

KiesBeter.nl wil burgers antwoord bieden op al hun vragen op het gebied van gezondheid en zorg. Met die informatie kunnen ze betere keuzes maken uit het grote aanbod in de zorg, zo is de gedachte.

Tweeduizendzeven was het jaar van de start van de projecten voor het Top Instituut Pharma. Het topinstituut is in juli 2006 officieel gelanceerd. Het is uniek als zogenaamd public-private partnership waarin academia, bedrijfsleven en regulatoire instellingen samenwerken. Het doel is de efficiëntere ontwikkeling van geneesmiddelen waardoor de patiënt sneller en goedkoper genezen kan worden. Met het uitvoeren van een sterk R&D programma, het opzetten van een trainingsprogramma en het zoeken van de samenwerking buiten de grenzen werkt het topinstituut aan het vestigen van zijn naam.